Sistem pembelajaran Fakultas UMSU Kedokteran Islami tidak terbatas pada membentuk tenaga medis yang kompeten secara ilmu pengetahuan , akan tetapi memberikan prinsip keislaman yang kuat. Hal ini dimaksudkan untuk menciptakan generasi profesional medis serta juga berdedikasi pada karier kedokteran , tetapi juga dilengkapi dengan moral yang tinggi d